《温病条辨》为吴鞠通多年温病学术研究和临床总结的力作。全书以三焦辨证为主干，前后贯穿，释解温病全过程辨治，同时参以仲景六经辨证、刘河间温热病机、叶天士卫气营血辨证及吴又可《温疫论》等诸说，析理至微，病机非常明了，并提供了实际用方。书中归纳温病清络、清营、育阴等治法，是叶天士散存于医案中的清热养阴诸法的总结并加以提高。而分银翘散作辛凉平剂、桑菊钦作辛凉轻剂、白虎汤为辛凉重剂，使气分病变开方用药的层次清晰、条理分明。

《温病条辨》将寒、温分立，提出病因有伏气、时气、戾气，病类有风温、温热、温疫、温毒、暑温、秋燥、冬温、温疟九种，可以从季节及疾病表现上加以区分，这是对于温病很完整的一种分类方法。创立了三焦辨证纲领。吴鞠通的三焦辨证不仅层次清晰、明确，而且能落实到具体脏腑。该辨证体系与张仲景伤寒六经辨证、叶天士温热卫气营血辨证理论互为羽翼，是温病创新理论之一。该书提出了一系列的温病治疗原则，成为此后温病治疗的主要指导书籍，其中一些学术见解直到现在仍为临床医家所重视。

《温病条辨》中的三焦辨证学说，这是继叶天士发展了张仲景的六经辨证，创立卫气营血辨证方法之后，在中医理论和辨证方法上的又一创举。三焦辨证法，就是将人体分为上、中、下三焦。上焦以心肺为主，中焦以脾胃为主，下焦包括肝、肾、大小肠及膀胱。由此创立了一种新的人体脏腑归类方法，此法十分适用于温热病体系的辨证和治疗，诊断明确，便于施治。而且确立了三焦的正常传变方式是由上而下的“顺传”途径，“温病由口鼻而入，鼻气通于肺，口气通于胃，肺病逆传则为心包，上焦病不治，则传中焦，胃与脾也；中焦病不治，则传下焦。始上焦，终下焦。”传变方式也就决定了治疗原则：“治上焦如羽，非轻不举；治中焦如衡，非降不安；治下焦如沤，非重不沉”。

吴鞠通对《伤寒论》的六经辨证进行了研究，认为“伤寒六经由表入里，由浅入深，须横看；本节论三焦，由上及下，亦由浅入深，须竖看。”这些理论，虽然从立论方式和分析方法上有所不同，但实际上仍是对叶天士的卫气营血辨证法的继承，并对其进行了很大的发展，尤其是在对疾病变化的认识上，是可以权衡协调的，二者并无矛盾之处。同时，三焦辨证法也完善了叶天士卫气营血说的治疗法则。叶天士的《温热论》中没有收载足够的方剂，而吴鞠通就是在《温病条辨》当中，为后人留下了许多优秀的实用方剂，像银翘散、桑菊饮、藿香正气散、清营汤、清宫汤、犀角地黄汤等等，都是后世医家极为常用的方剂。

张仲景创立《伤寒论》，把中医学对伤寒病的辨证论治推进到一个崭新的阶段。在《伤寒论》中，除明确论及温热病说：“太阳病，发热而渴，不恶寒者，为温病”。但纵观《伤寒论》全文，确实是对于伤寒的论述要祥于温病。对于温热病的治疗，《伤寒论》中论述不太详细。《温病条辩》从理法方药方面具体采用了《伤寒论》中的很多理论和原则。“存津液”是《伤寒论》全书的一个重要原则，吴鞠通在《温病条辨》中指出“存得一分津液，便有一分生机。”治疗温热病时保津是非常重要的，并从《伤寒论》演变出许多治则；张仲景开清法之先河，吴鞠通在《温病条辨》中不仅继承了仲景的认识，还系统地论述了邪热深入营血分的证治；《伤寒论》用下法为寒下法、温下法、润下法、攻下逐水法和攻下逐瘀法等，其中尤以苦寒攻下法在温热病治疗中应用最广，吴鞠通遵仲景之法而不拘泥，赋予承气汤新义，指出承气汤以攻下，中焦胃腑郁热燥结，挽救阴液为目的。

总之，《温病条辨》确立了三焦辨证的概念。被誉为“温病之津梁”，以三焦为纲，将三焦卫气营血融为一炉，完善了温病证治体系。吴鞠通对中医学的贡献，在于对中医立法上的革新和理论上的完善，尤其对于温热性疾病的治疗，他对于理论的发挥和留下的诸多方剂，可以说使得中医的基本治法在外感病和热性病方面得到了进一步的完善。